Conventions initiales adoptées : numérotation des stations, numéro de bouteilles
Un système d’observation central dans nos travaux est la sonde CTD (SBE 911 avec Rosette, en l’occurrence), qui délivre donc des profils de variables (T, S, O2, Fluorescence et atténuation optique) en fonction de la profondeur d’une part et d’autre part de l’eau prélevée à l’aide des bouteilles (24 en principe) de la rosette, déclenchées à des profondeurs choisies par les opérateurs selon les objectifs scientifiques. L’eau est ensuite analysée pour différents paramètres dosés à bord ou au laboratoire. Pour l’ensemble des campagnes Pomme des navires Ifremer le nombre de stations ainsi réalisées est tout à fait conséquent (près de 600 stations, hors Pomme 0). Afin de pouvoir croiser les différents résultats en provenance de différentes équipes il a été convenu de référer chaque échantillon au numéro de station (profil CTD et au numéro de bouteille de prélèvement sur la rosette. Pour avoir un repère unique dans les campagnes Pomme il a été prévu dès le départ de noter les numéros de station CTD selon un chiffre type CSSS, ou C est le n°de Pomme et SSS le numéro de station (3 positions). Cependant la numérotation est incrémentée à chaque nouveau profil CTD, que cela soit lors d’une opération CTD avec Rosette ou lors d’un Towyo. Ainsi la numérotation des seules CTD Rosette n’est pas continue, mais des listes inventaires existent dans la transmission des données (liste de Jean Raunet, fichier inventpXlY ou inventtowyo° ces listes sont aussi trouvées dans les informations synoptiques
(4_Info_cartes_campagne_pomme/operations_a_la_mer_pomme)
et dans le fascicule pdf Atlas , info_synoptique_campagne_pomme.pdf, ainsi que dans les fascicules graphiques CTD sous forme pdf.. Enfin le fichier de validation coord_operalamer contient le détail de la succession des opérations. Bien évidemment toutes ces listes sont cohérentes entre elles car elles ont toutes été fabriquées à partir des fichiers inventaires de Jean Raunet qui a contrôlé dans le détail les informations de géolocalisation des stations et profils towyo.
Il est à noter que dans le fascicule Atlas existe une liste synoptique de toutes les profondeurs échantillonnées par bouteille avec le numéro des bouteilles, ainsi que des listes complémentaires des prélèvements effectuées sur ces bouteilles. Ces listes ont été établies directement à partir des feuilles de station en tenant compte des croix apposées par les responsables de prélèvement. Nous n’avons pas effectué de croisement entre ces listes que l’on peut qualifier listes de principe, avec les données effectivement transmises, bien qu’en théorie cela aurait été réalisable. En réalité le travail accompli par les responsables de prélèvement est tout à fait prenant compte tenu de nombre de stations et le marquage des croix n’est pas en général leur priorité malgré de fréquents rappels à l’ordre. Les listes inventaires de principe ne donnent donc que des indications sur les types de prélèvement simultanés. Dans une base de fichier ou de données, il existe des outils qui donnent automatiquement ce type de liste et qui alors donne une information exacte sur les données en base.
Quelques rappels ou indications générales à propos du travail de référencement :
- le travail de référencement n’a pas agit directement sur le contenu de chaque fichier téléchargé pour ce qui concerne les valeurs des données
- le classement des données du site pomme web a été conservé pour des raisons de traçabilité
- les profils CTD sont auto référencés dans les en tête. Toutefois il existe quatre types de résultats définitifs de profils CTD qui diffèrent par leur présentation, mais sont cohérents pour la pression la température et la salinité, et les références géographiques des n° de stations.
Ces quatre types de fichiers résultats définitifs concernant les profils CTD Rosette sont les suivants :
Fichiers intXXXX (5 décibars), transmis au Sismer et au site Pomme web en 2002. Ils sont situés sur le CD2 (Nov 2005) sous les répertoires ; 1_fichiers_profils_ctd_O2_rosette/données_PTS_JeanRaunet/pXlgYPTSCint5.
Ces données, avec en-tête auto documentée, concernent les profils descendants uniquement avec valeurs chaque 5 mètres, y compris les contenu thermiques et halins; les informations de traitement se trouvent dans le fichier commentaireLP.DOC sur le site ftp anonymous de Louis Prieur (oceane.obs-vlfr.fr cd /pub/prieur/pomme/result_def/ficsurfok/)
Fichiers pomXXXX (1décibar), transmis au Sismer et site Pomme web en 2002 et validés par le Sismer. Ils sont situés sur les CD2 (Nov 2005) sous les répertoires :
1_fichiers_profils_ctd_O2_rosette/données_PTS_JeanRaunet/ pxlyPTSCvalid. Ces données, avec en-tête auto documentée, concernent les profils descendants uniquement avec valeurs chaque décibar, de pression température in situ salinité et conductivité. les informations de traitement se trouvent dans le fichier commentaireLP.DOC sur le site ftp anonymous de Louis Prieur :
(oceane.obs-vlfr.fr cd /pub/prieur/pomme/result_def/ficsurfok/)
Fichiers oxyglistd_XXXX.txt et oxyglistupXXXX.txt (1décibar), transmis au site
pomme web sept 2003. Ils n’apparaissent plus maintenant. Cependant ils sont toujours sur les sité ftp anonymous de Louis Prieur (oceane.obs-vlfr.fr cd /pub/prieur/pomme/pommeresultat_avecO2/resdefO2/….) où l’on trouve le descriptif des fichiers : DESCRIPTIF_oxyglistd_ou_up.doc. Sur les CD2 Nov 2005, ces mêmes fichiers xont situés :
\1_fichiers_profils_ctd_O2_rosette_PTS\fichiers_resultats_points_O2, avec un descriptif similaire transoxygdef.txt.
Ces fichiers avec entête auto documentée concernent les profils CTD descendants et ascendants chaque décibars avec les valeurs d’oxygène en plus de P, T in situ et S.
Fichiers oxygdefFatt.txt à transmettre. Ces fichiers se trouvent sur le site FTP anonymous de Louis Prieur, ainsi que les fichiers graphiques associés au sein desquels se situent les commentaires sur ces fichiers :
oceane.obs-vlfr.fr cd/pub/prieur/pomme/resultpommeresultat_avecO2/resdefO2Fatt
Ces profils contiennent en plus des précédents les valeurs étalonnées de la fluorescence en Total Chlorophylle a et en coefficient d’atténuation de la lumière. Des fichiers explicatif sont situés au m^me niveau que les répertoire de fichiers données ou graphiques. Par ailleurs les procédures d’étalonnages sont décrites dans le rapport Pomme validation- Etalonnage
Tous ces fichiers concernant les profils de la CTD rosette contiennent dans le nom du fichier le numéro officiel de la station XXXX, le premier X correspondant au n° de Pomme des navires de l’IFREMER. Une information synoptique sous forme d’inventaire est disponible sur le site pomme WEB et sur le CD2 sous la rubrique :
\4_Info_cartes_campagne_pomme\result_def\inventCTD_Pomme.zip ;
dans ces listes inventaire le numéro de station est référencé de la même manière que précédemment avec le préfixe ascXXXX
Enfin on trouvera sous le répertoire result_def au niveau immédiatement supérieur les répertoir ficsurfok qui contient les fichiers primaires étalonnées du Thermosalinographe avec le fichier descriptif CommentaireLP.doc associé. Noter que ces fichiers Thermoall.txt sont en fait les fichiers sources de référencement des continus de surface décris par ailleurs.