TRANSALCALINITE.TXT

(pour transmission fichiers d'alcalinité)
Emplacement: .....fichier_transsitepomme_sept2004\DONNEES_TRAITEES\DONNEES_AT_TCO2\Donnees_alcalinite_carbinorgdissous_pomwebaout2003

Les  fichiers « pxly_carbinorgdiss_modif_comparaison_AT.xls» peuvent être détaillés comme suit :
Rq : pxly fait référence au numéro de campagne (x) et au numéro de leg (y) (ex : p1 pour pomme 1, p2 pour pomme 2, l1 pour leg 1, l2 pour leg2) et englobe ici pomme 1 à pomme 3 uniquement pour les leg 1.


Lecture du fichier en ligne :
Les lignes 1 à 3 décrivent les paramètres (nom du paramètre, origine du fichier et unité de mesure).
	Les autres lignes, à partir de la ligne 4, correspondent aux données.

Remarque : attention, p1l1 comprend 54 colonnes au total, p2l1 en comprend 56 et p3l1 58

Lecture du fichier en colonne :
POUR P1L1:
	Colonne 1 : N° de ligne (N°=numéro)
	Colonne 2 : N° de station (exemple : 2001 pour p2l1), 
	Colonne 3 : N° position bouteille : il correspond ici au numéro de bouteille
	Colonne 4 : Profondeur en décibars (dbars)
	Colonne 5 : station : numéro de station)
	Colonne 6 : jul deb : jour de début en jour julien de l'année (jour 1 = 1er janvier 2001) en jour centmillième 
	Colonne 7 : lat cent : latitude en degré centmillième (d'où une précision de 10-5), 
	Colonne 8 : long cent : longitude en degré et en centième de degré (le signe moins indique une longitude ouest), 
	Colonne 9 : Profondeur en décibars (dbars) (idem colonne 4)
	Colonne 10 : Pression en décibars (dbars)
	Colonne 11 : Température en degré celsius (deg.cels.)
	Colonne 12 : Salinité selon 'pratical salinity unit' (psu)    
	Colonne 13 : Oxygène dissous en millilitres par litres (ml/l) : oxygène sonde « étalonnage descente »
	Colonne 14 : oxygène dosage en ml/l
	Colonne 15 : Oxygetal up : oxygène sonde « étalonnage montée » en millilitres par litres (ml/l)  
	Colonne 16 : NO3 en µM : nitrates en micromolaires (µM)
	Colonne 17 : PO4 en µM : phosphates
	Colonne 18 : Chla : Chlorophylle a en milligrammes par mètre cube (mg/m3)
	Colonne 19 : Tchla : total chlorophylle a en milligrammes par mètre cube (mg/m3)
	Colonne 20 : Fluorescence reel unit : fluorescence en unité relative
	Colonne 21 : Flag mécanique (trame ros)
	Colonne 22 : Flag de variables automatique (ancien)
	Colonne 23 : synthèse flag de variables procédure automatique (new)
	Colonne 24 : P moyennes : profondeurs moyennes en dbars
	Colonne 25 : T moy : températures moyennes en °C
	Colonne 26 : S moy : salinités moyennes selon psu
	Colonne 27 : O2 moy : oxygènes moyens dosés en ml/l
	Colonne 28 : NO3 moy : nitrates moyens en µM
	Colonne 29 : PO4 moy : phosphates moyens en µM
	Colonne 30 : synthèse flag variable2
Pour les colonnes suivantes: origine des fichiers: Melchior
	Colonne 31 : n° ligne
	Colonne 32 : cruise
	Colonne 33 : station
	Colonne 34 : type
	Colonne 35 : date
	Colonne 36 : longitude, W
	Colonne 37 : latitude, N
	Colonne 38 : B-Depth
	Colonne 39 : Cast#: n° station
	Colonne 40 : bottle: n° bouteille
	Colonne 41 : Depth(c): profondeur
	Colonne 42 : pressure: pression
	Colonne 43 : temp: température
	Colonne 44 : sal: salinite
	Colonne 45 : CT: carbone total en micromoles (µmol)
	Colonne 46 : pH
	Colonne 47 : AT: alcalinite en micromoles par Kilo
	Colonne 48 : fCO2 : pression partielle du CO2 en micromoles (par décimètre cube ou par kilo ?)
	Colonne 49 : niskin: n° de bouteille
	Colonne 50 : NO2: nitrites en µM
	Colonne 51 : NO3: nitrates en µM
	Colonne 52 : PO4 : phosphates en µM
	Colonne 53 : niskin: n° de bouteille
	Colonne 54 : O2: oxygène en µM
	
POUR P2L1:
	Colonnes 1 à 52: idem pomme 1 leg 1
	Colonne 53 : Cast (21 pour la 21ième station)
	Colonne 54 : station (2021 pour le 21ième station de pomme 2 leg 1)
	Colonne 55 : niskin: n° de bouteille
	Colonne 56 : O2: oxygène en µM

POUR P3L1:
	Colonnes 1 à 52: idem pomme 1 leg 1
	Colonne 53 : NH4 : ammonium en nM
	Colonne 54 : Si : silicium en nM
	Colonne 55 : Cast (21 pour la 21ième station)
	Colonne 56 : station (2021 pour le 21ième station de pomme 2 leg 1)
	Colonne 57 : niskin: n° de bouteille
	Colonne 58 : O2: oxygène en µM


Compléments d’information :

L’origine des données :
Colonnes 1 à 8 : trame rosette de référence (c'est-à-dire trame avec les coordonnées)
Colonnes 9 à 30 : fichiers rosettes finaux (donnees rosette crossvalidees)
Colonnes 31 à 54 : données d'alcalinite issues du site web de pomme (novembre 2003)(origine Melchior)

Colonnes 1 à 4 et col 9 : les données sont issues des fichiers rosette "trame ros"
Colonnes 10 à 13 : les données sont issues des fichiers résultats de l’étalonnage de l’oxygène « oxyglistd » (d pour descente) ou « oxyglistdup » (up pour montée)
Colonne 14 : les valeurs de l’oxygène dosage sont issues des fichiers de Dominique Lefèvre « dosoxypxly.txt »
Colonne 15 : les données sont issues des fichiers « travficrosBRUT/DEFpxly_flag_variat_2.txt » (anciens fichiers rosette où l’oxygène a été étalonné à la montée)
Colonnes 16, 17 et 20 : les données de NO3, PO4 et de fluorescence sont issues des fichiers bruts ("SNPXLY" pour NO3 et PO4, "rospo1leg1mb_corrigees" pour la fluorescence)
Colonnes 18 et 19 : les données de Chla et Tchla sont issues des fichiers "pigbrut"
Colonne 21 : les données sont issues d'une analyse visuelle ou manuelle pour détecter les fermetures défectueuses, contrôler la qualité des données et identifier les valeurs douteuses 
Colonnes 22, 23 et 30 : sont issues d'une procédure automatique de détection des fermetures défectueuses, de contrôle de la qualité des données et d'identification des valeurs douteuses (« flagvart »)
Colonnes 24 à 29 : sont présentées ici les données à partir desquelles ont été réalisés les flag de variables automatique (« varimoyt »)

Nombre de lignes : 
Le nombre total de lignes pour chaque leg est fixe.

Etalonnage de l’oxygène :
Si vous souhaitez utiliser l’oxygène étalonné, il convient de sélectionner la colonne 13 « oxygène dissous » qui correspond à l’oxygène sonde « étalonnage descente ».

Les flag :
A ces données, nous avons donc intégrés les résultats de l’étude de validation des fichiers rosette avec l’indication des bonnes valeurs et des valeurs douteuses.
Cette étude de crossvalidation réside dans la mise en place de procédures de détection de fermetures défectueuses de bouteilles et d’absence de bouteille, de contrôle de la qualité des données et d'identification des valeurs douteuses issues d’analyses chimiques ou de données CTD. Cette technique a déterminée des flag à partir de valeurs moyennes et d’écart-type par profondeur.
Si vous souhaitez exploiter le fichier rosette en ne considérant que les lignes où toutes les variables CTD, oxygène sonde, sels nutritifs et oxygène dosage sont validées, ne prenez POUR LES LEG 1 que les lignes où le flag, au sein de la colonne « synthèse flag variable2 » (colonne 30), est égal à zéro. POUR LES LEG 2 les flag ne sont pas encore exploitables.

Détail des campagnes et legs de POMME
La campagne POMME comprend trois campagnes qui se subdivisent chacune en deux legs (exemple : Pomme 1 leg 1 et Pomme 1leg 2 =p1l1 et p1l2).
Chaque leg comprend un certain nombre de stations dont la numérotation peut être continues ou non.
        Pour P1L1 : les stations vont de 1001 a 1079
        Pour P1L2 : les stations vont de 1080 a 1206
        Pour P2L1 : les stations vont de 2001 a 2081
  Pour P2L2 : les stations vont de 2082 a 2416
        Pour P3L1 : les stations vont de 3001 a 3083
        Pour P3L2 : les stations vont de 3084 a 3339

Numérotation des bouteilles
La rosette comprend 24 bouteilles, ce qui correspond à une numérotation de 1 à 24, cependant la totalité des bouteilles n'est pas toujours présente (elles peuvent être utilisées comme station towyo par exemple). 
La liste a été établie à partir des cahiers CTD de POMME décrivant les numéros des bouteilles manquantes.
Pour p1l1, p1l2, p2l1, p2l2 : les btl 14, 15 et 16 sont manquantes systématiquement.
Pour P3l2 : les btl 14 et 15 sont manquantes systématiquement.
Pour P3l1 : Aucune bouteille n'est manquante