CAMPAGNE POMME
Programme Océan Multidisciplinaire Méso Echelle

RESULTATS DES TRAITEMENTS DE L’OXYGENE
POUR LES PROFILS CTD ROSETTE

RESULTATS DE LA PROCEDURE DE DETECTION DE VALEURS DOUTEUSES POUR LES FICHIERS ROSETTE

Contenu du CD-Rom :

Descriptif des données	Description des profils CTD O2	
	Description des fichiers rosette	
	Description des programmes	
Profils CTD O2 rosette	Programmes d’écriture et de lecture	
	Résultats des profils CTD O2 rosette	
Fichiers rosette	Programmes d’écriture et de lecture	
	Fichiers résultats de la rosette (fichiers excel)	
Informations complémentaires	Organigramme détaillant la procédure utilisée	
	Arborescence du traitement de POMME, solution retenue pour la descente	
	Détail des campagnes et leg de POMME	
	Numérotation des bouteilles	
	Détail du flag de l’oxygène	
	Détail du flag mécanique et du flag de variables issus de l’analyse visuelle ou manuelle	
	Explication de la signification des flag pour le flag de variables automatique	
	Détails complémentaires (NaN et stations manquantes)	
Fascicules graphiques	Tso2diagd	
	Profilsd	

Ce CD-Rom contient les fichiers résultats des profils verticaux effectués par la sonde CTD rosette après l’étalonnage des valeurs d’oxygène, pour tous les legs de POMME sur l’Atalante et la Thalassa, soit p1leg1, p1leg2, p2leg1, p2leg2, p3leg1 et p3leg2.
Par ailleurs, le CD-Rom contient les résultats de l’étude de validation des fichiers rosette pour les mêmes legs, avec l’indication des bonnes valeurs et des valeurs douteuses.

DESCRIPTIFS DES DONNEES

Descriptif des fichiers CTD O2

Les données sont réparties selon deux répertoires, « oxyglistd » pour la descente et « oxyglistup » pour la montée.
Ces deux répertoires comprennent des fichiers résultats ascii nommés « oxyglistup_XXXX.txt » et « oxyglistd_XXXX.txt ». Le XXXX désignant le numéro de la station (exemple : oxyglistd_1001.txt pour la station 1001). Au sein de chaque répertoire se trouve la totalité des stations de tous les legs, soit depuis p1leg1 jusqu’à p3leg2.

Fichiers CTD O2

Dossier descente « oxyglistd »

Dossier montée « oxyglistup »

Oxyglistup_XXXX.txt

Oxyglistd_XXXX.txt

Oxyglistup_XXXX.txt

Oxyglistd_XXXX.txt

Les fichiers « oxyglistup_XXXX.txt » et oxyglistd_XXXX.txt » sont des fichiers auto-documentés, c'est-à-dire qu’ils comprennent une entête puis les données elles-mêmes au sein du même fichier.

Exemple pour la station 1001 :

1001    POMME A1Leg1        ATALANTE            SBE
*N° de station, nom campagne, nom navire, type sonde
*(%4.0f    %s    %s    %s)
03022001   34.95000 N 38.99793 W -16.66687 6 5500 5288  5.0 2007.0
*Date, juldeb, lat cent, long cent, G (nb parametres), fond, sonde, p 1ère mesure, p dernière mesure de oxygdefcord
*(%s %10.5f %s %8.5f %s %9.5f %s %s %4.0f %4.1f %6.1f)
PRESSION            dbar     
TEMPERATURE         deg.cels.
SALINITE            psu      
OXYGENE DISSOUS     ml/l     
OXYGENE SATURE      ml/l     
OXYGENE DISSOUS     µM/kg    
    1.0     NaN     NaN   NaN   NaN   NaN
    2.0     NaN     NaN   NaN   NaN   NaN
    3.0     NaN     NaN   NaN   NaN   NaN
    4.0     NaN     NaN   NaN   NaN   NaN
    5.0  14.553  35.862  5.75  5.71 249.94
    6.0  14.553  35.862  5.75  5.71 249.94
    7.0  14.553  35.861  5.75  5.71 249.98

L’entête comporte douze lignes au total dans les fichiers .
Les lignes 1 à 6 décrivent l'entête du fichier :
Ligne 1 : 
N° de station (exemple : 2001 pour p2l1), 
nom de la campagne (exemple : POMME A2Leg1 pour p2l1 du navire Atalante (A)), 
	nom du navire (Atalante pour pomme 1 et pomme 2, Thalassa pour pomme 3), 
	type de sonde (SBE)
Ligne 2 : 
commentaires de la ligne 1
Ligne 3 :
format de la ligne 1 : (%4.0f    %s    %s    %s) : 
Les nombres de positions successives sont : 4f,4x,16s,4x,16s,4x,3s
le %x.yf est le format qui désigne un module (%) flottant (f). Le %s désigne des caractères
Rq : le x décrit le nombre total de chiffres (y compris le signe, le nombre de décimales si ce ne sont pas des nombres entiers)
	le .y décrit uniquement le nombre total de décimales
	Exemple : pour 2001 : le format sera %4.0f en numérique
		    pour -16.66687 : le format sera %8.5f
Ligne 4 : 
Date : jour, mois, année écrits sous le forme jjmmaaaa en alphanumérique, 
juldeb : jour de début en jour julien de l'année, la partie fractionnaire correspond aux heures et minutes en fractions de jour, 
	lat cent : latitude en degré et en centième de degré, 
	long cent : longitude en degré et en centième de degré (le signe moins indique une longitude ouest), 
	G (nb parametres): le nombre de paramètres est ici de six, 
fond : 5500, il correspond au nombre total de lignes. En réalité, le fond comprend 5501 lignes (5500 + 1),
	sonde : la profondeur du sondeur pour la station en mètres, 
	p 1ère mesure : pression de la première mesure validée (ici 5.0), 
	p dernière mesure de oxygdefcord : pression de la dernière mesure validée (ici 2007.0).
Ligne 5 : 
commentaires de la ligne 4
Ligne 6 : 
format de la ligne 4 : (%s %10.5f %s %8.5f %s %8.5f %s %s %4.0f %4.1f %6.1f): format utilisé pour l'écriture en langage matlab avec l'ordre fprintf 
            Les nombres de positions successives sont : 8s,1x,10f,1x,1s,1x,8f,1x,1s,1x,9f,1x,1s,1x,4s,1x,4f,1x,4f,1x,6f 

Les lignes 7 à 12 décrivent le nom des variables et leurs unités de mesure :
Ligne 7 : 
PRESSION en décibars (dbar)
Ligne 8 : 
TEMPERATURE en degré celsius (deg.cels.)
Ligne 9 : 
SALINITE selon 'pratical salinity unit' (psu)    
Ligne 10 : 
OXYGENE DISSOUS en millilitres par litres (ml/l)  
Ligne 11 : 
OXYGENE SATURE en ml/l
Ligne 12 : 
OXYGENE DISSOUS en micromoles par litres (µM/l) (ce dernier doit être converti en µM/kg)

Les lignes suivantes correspondent aux données des variables décrites ci-dessus : 
	colonne 1 : pression, 
	colonne 2 : température, 
	colonne 3 : salinité,
	colonne 4 : oxygène dissous,
	colonne 5 : oxygène saturé,
	colonne 6 : oxygène dissous (µM/l) 
La lecture de ces fichiers peut s’avérer difficile. Pour cette raison, nous joignons le programme Matlab d’écriture « lecentoxygdefd.m » (pour la descente), « lecentoxygdefup.m » (pour la montée) et un programme de lecture effectivement opérationnel « lecoxypotxt.m »

Descriptif des fichiers rosette

Les fichiers rosettes présentés sont des fichiers résultats nommés « travficrosDEFpxl1_flag_variat_2.xls » pour les leg 1, soit p1leg1, p2leg1 et p3leg1 et « travficrosBRUTpxl2_flag_variat_2.xls » pour les leg 2, soit p1leg2, p2leg2 et p3leg2. Le x désignant le numéro de la campagne POMME, p1, p2 ou p3.
Ils constituent les fichiers rosette dits « définitifs » et réunissent les informations utiles issues de différents fichiers. En effet, les données comportent des variables dosées (dont certaines sont issues du site web de POMME acquises en janvier 2003) et des variables CTD.

Les fichiers rosette définitifs se présentent comme les fichiers rosette bruts déjà mis à disposition sur le site web (« rospoxlegymb.xls » et « rospoxlegym.xls »). Toutefois, dans les fichiers rosette définitifs, toutes les bouteilles déclenchées sont répertoriées ainsi que toutes les stations (ce qui n’était pas le cas nécessairement dans les fichiers rosette bruts).

Pour les variables CTD : les fichiers bruts mais après calibration en utilisant les programmes Sea-Bird et le fichier de configuration tenant compte de la calibration en température et en salinité.
Pour les données issues du site web : les données utilisées sont les sels nutritifs et les pigments mais uniquement pour certains leg.
Pour les données chimiques : (en fait oxygène), nous avons utilisés les fichiers de dosages transmis par Dominique Lefèvre.

Par principe pour tous les fichiers transmis, le x désigne le numéro de la campagne POMME, le y le numéro du leg et les XXXX désignent le numéro de la station du leg (par exemple la station 1001).

Les fichiers ne possédant pas toujours le même nombre de stations, de bouteilles et dons de lignes, une mise en correspondance a donc été nécessaire. Celle-ci a été obtenue par concatenation des colonnes pertinentes de chaque fichier à l’aide de programmes Matlab. Afin de vérifier la bonne correspondance des données, certains paramètres comme la numéro de ligne, le numéro de station ou le numéro de bouteilles sont présents à plusieurs reprises.

A ces fichiers nous avons intégrés une colonne pour inscrire un flag de l’oxygène, qui a été établi à partir d’un indice d’exclusion trouvé lors de l’étalonnage des capteurs d’oxygène de la sonde, et plusieurs autres colonnes portant des indications sur la qualité des valeurs de dosage après notre calibration.

A ces données, nous avons donc intégrés les résultats de l’étude de validation des fichiers rosette avec l’indication des bonnes valeurs et des valeurs douteuses.
Cette étude de validation réside dans la mise en place de procédures de détection de fermetures défectueuses, de contrôle de la qualité des données et d'identification des valeurs douteuses issues d’analyses chimiques ou de données CTD pour permettre la crossvalidation des données du fichier rosette..
Elle s’est réalisée en deux étapes, la première étape a permis la réalisation d’une procédure manuelle de détection de valeurs douteuses et la seconde étape, la réalisation d’une procédure automatique. Cette technique a déterminée des flag à partir de valeurs moyennes et d’écart-type par profondeur.
Si vous souhaitez exploiter le fichier rosette en ne considérant que les lignes où toutes les variables CTD, oxygène sonde, sels nutritifs et oxygène dosage sont validées, ne prenez que les lignes où le « flag de variables automatique » (procédure automatique) est égal à zéro. La colonne où se situe ce flag dépend du leg considéré, mais dans le fichier excel le titre de la colonne reste inchangé.

Procédure manuelle :
L'analyse visuelle ou manuelle a permis la constitution d'un flag mécanique et d'un flag de variables.
Les flag mécaniques identifient des erreurs à partir d'informations mécaniques et diagnostiquées (identification de bouteilles manquantes, ouvertes ou douteuses, des stations absentes par exemple). Ces flag mécaniques signifient qu’il n’y a pas de mesure pour ces profondeurs à partir de l’inspection des cahiers CTD d’acquisition.
Les flag de variables identifient des bouteilles suspectes à partir de mesures individuelles (identification graphique des points hors nuages qui correspondent à des anomalies de dispersion dans les graphiques binaires (température/salinité, oxygène/nitrates, …).
La lecture de ces deux types de flag est la suivante : si le flag est égal à zéro, la valeur est considérée comme bonne, si elle est différente de zéro, la valeur est considérée comme douteuse.

Procédure automatique :
Plutôt que de réaliser des graphiques (nombreux) pour l’inspection visuelle et l’élimination (subjective) des points douteux, nous avons mis au point une procédure automatique des points douteux.
Cette procédure s’appuie en premier lieu sur les flag mécaniques qui contiennent une information (présence ou absence de bouteille) qui ne peut être détectée automatiquement. Ce flag mécanique est donc conservé. Nous avons à titre de vérification appliqué la procédure automatique aux données après exclusion des flag mécaniques et des flag de variables par procédure manuelle et nous avons appelé le résultat comme flag de variables visuel. Enfin, le résultat de la procédure automatique, sans utiliser l’information issue des inspections graphiques visuelles, est reporté dans une troisième colonne : flag de variables automatique.
Cette procédure a été réalisée avec le passage du programme « detmoystdpxly.m ». 
La lecture de ces flag est la suivante : si le flag est égal à zéro, la valeur est considérée comme bonne, si elle est différente de zéro, la valeur est considérée comme douteuse. 

Les  fichiers « travficrosDEFpxl1_flag_variat_2.xls » et « travficrosBRUTpxl2_flag_variat_2.xls » peuvent être détaillés comme suit :

Lecture du fichier en ligne :
	Les lignes 1 à 4 décrivent les paramètres (et leurs origines). 
	Les autres lignes, à partir de la ligne 5, correspondent aux données.

fichiers « travficrosDEFpxl1_flag_variat_2.xls » (leg 1) :
Lecture du fichier en colonne :
Colonnes 1 à 4 et et colonnes 18 à 19 : les données sont issues des fichiers rosette "trame ros"
	Colonne 1 : N° de ligne (N°=numéro)
	Colonne 2 : N° de station (exemple : 2001 pour p2l1), 
	Colonne 3 : N° position bouteille : il correspond ici au numéro de bouteille
	Colonne 4 : Profondeur en décibars (dbars)
Colonnes 5 à 11 et colonne 17 : les données sont issues des fichiers rosette "rosfinal"
	Colonne 5 : N° ligne
	Colonne 6 : N°station 
	Colonne 7 : N° bouteille
	Colonne 8 : Temp up : température à la montée en degré celsius (deg.cels.)
	Colonne 9 : Sal up : salinité à la montée selon 'pratical salinity unit' (psu)    
	Colonne 10 : Oxygetal up : oxygène étalonné en millilitres par litres (ml/l)  
	Colonne 11 : Oxdos : oxygène dosage en ml/l
Colonnes 12 et 13 : les données sont issues des fichiers "pigbrut"
	Colonne 12 : Chla : Chlorophylle a en milligrammes par mètre cube (mg/m3)
	Colonne 13 : Tchla : total chlorophylle a en milligrammes par mètre cube (mg/m3)
Colonnes 14 à 16 : les données de NO3, PO4 et de fluorescence sont issues des fichiers bruts ("SNPXLY" pour NO3 et PO4, "po1leg1mb_corrigees" pour la fluorescence)
	Colonne 14 : NO3 en µM : nitrates en micromolaires (µM)
	Colonne 15 : PO4 en en µM : phosphates
	Colonne 16 : Fluorescence reel unit : fluorescence en unité relative
	Colonne 17 : Flag oxygène : indice d'exclusion
Colonnes 18 et 19 sont issues d'une analyse visuelle ou manuelle pour détecter les fermetures défectueuses, contrôler la qualité des données et identifier les valeurs douteuses 
	Colonne 18 : Flag mécanique 
	Colonne 19 : Flag de variables
Colonnes 20 à 29 sont issues d'une procédure automatique de détection des fermetures défectueuses, de contrôle de la qualité des données et d'identification des valeurs douteuses (« flagvart »)
	Colonne 20 : Procédure automatique : flag mécanique
	Colonne 21 : Procédure automatique : flag variable visuel
	Colonne 22 : Procédure automatique : flag de variables automatique (colonne de synthèse)
Colonnes 23 à 29 : Procédure automatique : détail du flag de variables automatique (à partir duquel a été effectué la colonne de synthèse) (« flagvart »)
	Colonne 23 : Profondeur
	Colonne 24 : Flag de température
	Colonne 25 : Flag de salinité
	Colonne 26 : Flag de oxdos
	Colonne 27 : Flag de NO3
	Colonne 28 : Flag de PO4
	Colonne 29 : /
Colonnes 30 à 35 : sont présentées ici les données à partir desquelles ont été réalisés les flag de variables automatique (« varimoyt »)
	Colonne 30 : P moyennes : profondeurs moyennes en dbars
	Colonne 31 : T moy : températures moyennes en °C
	Colonne 32 : S moy : salinités moyennes selon psu
	Colonne 33 : O2 moy : oxygènes moyens dosés en ml/l
	Colonne 34 : NO3 moy : nitrates moyens en µM
	Colonne 35 : PO4 moy : phosphates moyens en µM

Fichiers « travficrosBRUTpxl2_flag_variat_2.xls » (leg 2) :
Lecture du fichier en colonne :
Colonnes 1 à 4 et colonnes 13 à 14 : les données sont issues des fichiers rosette "trame ros"
	Colonne 1 : N° de ligne (N°=numéro)
	Colonne 2 : N° de station (exemple : 2001 pour p2l1), 
	Colonne 3 : N° position bouteille : il correspond ici au numéro de bouteille
	Colonne 4 : Profondeur en décibars (dbars)
Colonnes 5 à 7 et colonne 12: les données sont issues des fichiers rosette "rospo"
	Colonne 5 : Temp in situ : température in situ en degré celsius (deg.cels.)
	Colonne 6 : Sal nc : salinité non calibrée selon 'pratical salinity unit' (psu)    
	Colonne 7 : oxygen nc : oxygène non calibré en millilitres par litre (ml/l)
Colonnes 8 et 9 : les données sont issues des fichiers « pigments » (« pxly_pigments_modif_comparaison »)
	Colonne 8 : Chla : Chlorophylle a en milligrammes par mètre cube (mg/m3)
	Colonne 9 : Tchla : total chlorophylle a en milligrammes par mètre cube (mg/m3)
Colonnes 10 et 11 : les données sont issues des fichiers « sels nutritifs » (« pxly_SN_modif_comparaison »)
	Colonne 10 : NO3 : nitrates en micromolaire (µM)
	Colonne 11 : PO4 : phosphates en micromolaire (µM)
	Colonne 12 : fluoresc. reel unit : fluorescence en unité relative
Colonnes 13 et 14 sont issues d'une analyse visuelle ou manuelle pour détecter les fermetures défectueuses, contrôler la qualité des données et identifier les valeurs douteuses 
	Colonne 13 : flag mécanique
	Colonne 14 : flag de variables
Colonnes 15 à 24 sont issues d'une procédure automatique de détection des fermetures défectueuses, de contrôle de la qualité des données et d'identification des valeurs douteuses (« flagvart »)
	Colonne 15 : Procédure automatique : flag mécanique
	Colonne 16 : Procédure automatique : flag variable visuel
	Colonne 17 : Procédure automatique : flag de variables automatique (colonne de synthèse)
Colonnes 18 à 24 : Procédure automatique : détail du flag de variables automatique (à partir duquel a été effectué la colonne de synthèse) (« flagvart »)
	Colonne 18 : Profondeur
	Colonne 19 : Flag de température
	Colonne 20 : Flag de salinité
	Colonne 21 : Flag de oxdos
	Colonne 22 : Flag de NO3
	Colonne 23 : Flag de PO4
	Colonne 24 : /
Colonnes 25 à 30 : sont présentées ici les données à partir desquelles ont été réalisés les flag de variables automatique (« varimoyt »)
	Colonne 25 : P moyennes : profondeurs moyennes en dbars
	Colonne 26 : T moy : températures moyennes en °C
	Colonne 27 : S moy : salinités moyennes selon psu
	Colonne 28 : O2 moy : oxygènes moyens dosés en ml/l
	Colonne 29 : NO3 moy : nitrates moyens en µM
	Colonne 30 : PO4 moy : phosphates moyens en µM

Les différences entre les  fichiers « travficrosDEFpxl1_flag_variat_2.xls » et « travficrosBRUTpxl2_flag_variat_2.xls » se situent à trois niveaux : les colonnes 5, 6 et 7 (numéro de ligne, numéro de station, numéro de bouteille) du leg 1 ne sont pas présentes au sein du leg 2, le flag de l’oxygène n’est pas présent au sein du leg 2, enfin les leg 1comportent deux types d’oxygène (oxygène étalonné montée et oxygène dosage) contre un seul pour le leg 2 (oxygène non calibré).

Certains noms (trame ros, rosfinal, …) ne parlent au lecteur mais correspondent à des fichiers intermédiaires constitués au cours du traitement.

Descriptif des programmes

Programmes des fichiers CTD O2 :
Les résultats sont obtenus après une procédure d’étalonnage qui est décrite dans un rapport (en construction).
Les programmes d’écriture des fichiers transmis sont « lecentoxygdefd.m » pour la descente et « lecentoxygdefup.m » pour la montée.
Le sous-programme appelé est « str_date.m ».
L’objectif de ces programmes est la fabrication des fichiers résultats des points O2 en mergeant les informations des entêtes avec les informations des fichiers « oxygdefcord_XXXX.mat ». Le programme lit les fichiers « oxygdefcord_XXXX.mat » station par station et les fichiers « entetepxly.mat » (fichier crée par lecentpxly.m).
Les fichiers écrits sont « oxyglistd_XXXX.txt » pour la descente et « oxyglistup_XXX.txt » pour la montée. Nous obtenons donc un fichier résultat par station. Les fichiers résultats sont regroupés au sein de deux dossiers « oxyglistd » pour la descente et « oxyglistup » pour la montée. Chacun de ces dossiers comprend la totalité des stations sans aucune distinction de leg.

Programmes des fichiers rosette :
Outre les programmes de concaténation des données utilisées, nous nous intéresserons aux programmes des fichiers rosette qui s’intitulent « detmoystdpxl1.m » pour le leg 1 et « detmoystdpxl2.m » pour les leg 2. 
Ce programme, à partir de valeurs moyennes et d’écart-type par profondeur, permet la construction de flag par détermination d’un seuil de rejet. Il présente l’avantage de prendre en compte la totalité des bouteilles et les fichiers sont ordonnés en ordre croissant de stations et de bouteilles. Les flag sont établis à partir des paramètres de profondeur, de température, de salinité, d’oxygène dosage, de nitrates et de phosphates.
Ces programmes lisent les fichiers « travficrosDEFpxl1.txt » pour les leg 1 et « travficrosBRUTpxl2.txt » pour les leg 2. 
Les sous-programmes appelés pour les leg 1 sont « tracmineca.m », « groupdeep_ess.m » et « interprof.m ». Les sous-programmes appelés pour les leg 2 sont « tracmineca_leg2.m », « groupdeep_ess.m » et « interprof_leg2.m ». L’adaptation des programmes pour les leg 2 provient de la profondeur maximale qui se trouve être inférieure à celle du leg 1. 
Les fichiers écrits lors du premier passage du programme sont « flagvart.mat » et « moystdecaflagyd.mat ». Pour le second passage, les fichiers écrits sont « flagvart_2.mat » et « moystdecaflagyd_2.mat ».
L’organigramme présenté ci-dessous décrit le 1er passage du programme « detmoystdpxly.m », le second passage reposant sur le même principe que le premier.

travficrosBRUTpxl2.txt

Detmoystdpxl2.m
Sous-programmes :
Tracmineca_leg2.m
Groupdeep_ess.m
Interprof_leg2.m

Flagvart.mat

Moystdecaflagyd.mat

Fichiers écrits :
Flagvart. mat : qui devrait tenir compte de flag mecanique et de flag var
Moystdecaflagyd mat : enregistrement des valeurs yd

1er passage du programme en tenant compte du flag mécanique, puis du flag mécanique et du flag de variables

travficrosDEFpxl1.txt

Detmoystdpxl1.m
Sous-programmes :
Tracmineca.m
Groupdeep_ess.m
Interprof.m

PROFILS CTD O2 ROSETTE

Programmes d’écriture et de lecture

Les programmes utilisés sont « lecentoxygdefd.m » pour la descente et « lecentoxygdefup.m » pour la montée.
Sous-programme appelé « str_date.m ».
Ces programmes sont également fournis en format texte (.txt) en plus du format Matlab (.m).

Résultats des profils CTD O2 rosette :

Les fichiers résultats se scindent en deux groupes : le premier pour la montée, le second pour la descente :
-	dossier « oxyglistd » (descente)
-	dossier « oxyglistup » (montée)
Au sein de ces dossiers se trouvent les fichiers résultats « oxyglistd_XXXX.txt » et « oxyglistup_XXXX.txt ».

FICHIERS ROSETTE

Programmes d’écriture et de lecture

« Detmoystdpxly.m »
Sous-programmes : « groupdeep_ess.m », « interprof.m », « interprof_leg2.m », « tracmineca.m », « tracmineca_leg2.m ».
Ces programmes sont également fournis en format texte (.txt) en plus du format Matlab (.m).

Fichiers résultats de la rosette (fichiers excel)

Les fichiers résultats se présentent sous la forme d’un fichier par leg. L’ensemble des bouteilles fermées lors de l’exécution des stations est reprise.
Un système de flag permet de savoir si les données sont considérées comme bonnes ou douteuses.
Les fichiers sont similaires à ceux des fichiers rosettes mais avec des données crossvalidées.
Pour les leg 1 : « travficrosDEFpxl1_flag_variat_2.xls » 
Pour les leg 2 : « travficrosBRUTpxl2_flag_variat_2.xls » 

A ces fichiers résultats nommés « travficrosDEFpxl1_flag_variat_2.xls » et « travficrosBRUTpxl2_flag_variat_2.xls », nous joignons également les fichiers « travficrosDEFpxl1_flag_variat_2_s.xls » et « travficrosBRUTpxl2_flag_variat_2_s.xls ». Ces fichiers comportent dans leur nom la racine "_s", ce qui signifie qu'il s'agit d'un fichier de synthèse. Il s’agit des mêmes fichiers que précédemment mais nous avons supprimé les lignes où pour les trois types de flag de la procédure automatique, le numéro du flag était égal à zéro (si un seul des trois possède un flag égal à zéro, la ligne est tout de même conservée). Ces fichiers permettent d’obtenir uniquement la liste des valeurs douteuses.

INFORMATIONS COMPLEMENTAIRES

Organigramme détaillant la procédure utilisée

Cet organigramme décrit les différentes étapes permettant l’obtention des fichiers « travficrosDEFpxl1_flag_variat_2.xls » et « travficrosBRUTpxl2_flag_variat_2.xls » et la mise en place de la procédure de détection de valeurs douteuses. 
L’organigramme se trouve au sein du fichier  « organigramme_proced_det_dataerreur.doc ».

Arborescence du traitement de POMME, solution retenue pour la descente

« ETAL_DESCENTE_arborescence_trait_pom_sol_retenue.doc »

Détail des campagnes et leg de POMME

La campagne POMME comprend trois campagnes qui se subdivisent chacune en deux leg (exemple : Pomme 1 leg 1 et Pomme 1leg 2 =p1l1 et p1l2).
Chaque leg comprend un certain nombre de stations dont la numérotation peut être continues ou non.
        Pour P1L1 : les stations vont de 1001 a 1079 sans discontinuite.
        Pour P1L2 : les stations vont de 1080 a 1206, absence des fichiers pour les stations 1094, 1121 et 1122.
        Pour P2L1 : les stations vont de 2001 a 2081, absence du fichier pour la station 2030.
Pour P2L2 : les stations vont de 2082 a 2416, absence des fichiers pour les stations 2096 a 2168, 2185 a 2264, 2280 a 2400.
        Pour P3L1 : les stations vont de 3001 a 3083, absence du fichier pour la station 3030.
        Pour P3L2 : les stations vont de 3084 a 3339, absence des stations 3100 a 3154, 3169 a 3237, 3253 a 3322.

Numérotation des bouteilles

La rosette comprend 24 bouteilles, ce qui correspond à une numérotation de 1 à 24, cependant la totalité des bouteilles n'est pas toujours présente (elles peuvent être utilisées comme station towyo par exemple). 
La liste a été établie à partir des cahiers CTD de POMME décrivant les numéros des bouteilles manquantes.
Pour p1l1, p1l2, p2l1, p2l2 : les btl 14, 15 et 16 sont manquantes systématiquement.
Pour P3l2 : les btl 14 et 15 sont manquantes systématiquement.
Pour P3l1 : Aucune bouteille n'est manquante
Détail du flag de l’oxygène :

Le flag oxygène a été établi à partir d'un indice d'exclusion dans l'étalonnage de l'oxygène. L'ordre des rejets est le suivant :
	flag 1 = pas de valeur dosage O2 ou pas de correspondance bouteille
	flag 2 = valeur dosage O2 ,T ou S hors critères sur O2 T S et p
	flag 3 = valeur dosage O2 ,rejetés après sigma (>2.7) des différences (CTD brut- dosage)
	flag 4 = valeurs dosage O2 rejetées pour wttc hors critère (>0.01 ou >0.4 donc)
	flag 5 = valeurs dosage O2 rejetés après sigma (>2.7) issu de 1er nlinfit (nul eventuel)
	flag 6 = valeurs dosage O2 rejetés après sigma (>2.7) issu de 2eme nlinfit (nul eventuel)
	flag 7 = valeurs dosage O2 rejetés après sigma (>1.8) issu de nlinfit après detrend
	flag 8 = valeurs dosage O2 ,avec fit_det retenues
Noter que les dosages rejetés peuvent être bons mais les différences avec la ctd au moment du test sont rejetés
Certains choix sont discutables en particulier le rejet 3 qui s'appuie sur des valeurs brutes (fausses?) de CTD

Détail du flag mécanique et du flag de variables issus de l’analyse visuelle ou manuelle :

Remarque : les colonnes du flag mécanique et du flag de variables correspondent à des colonnes de synthèse (différents paramètres tels que la profondeur, la température, la salinité, l’oxygène dosage (oxdos), les nitrates (NO3) et les phosphates (PO4) ont été pris en compte pour permettre d'aboutir à ce résultat).
	0 = bon (ou rien)
	1 = bouteille manquante
	2 = bouteille ouverte	
	3 = bouteille douteuse
	4 = valeur écartée du nuage de points (valeur suspecte) pour la descente
	5 = valeur écartée du nuage de points (valeur suspecte) pour la montée
	6 = valeur écartée du nuage de points (valeur suspecte) pour la montée et la descente
	7 = bouteille rejetée
	8 = bouteille enlevée
	9 = flag 8 et 6 et 5
	10 = flag 8 et 5
	11 = flag 5 et 6	
	12 = flag 8 et 4 et 5
	13 = flag 1 et 4
	14 = flag 1 et 7

Explication de la signification des flag pour le flag de variables automatique :

Un flag mécanique de 0 entraîne un flag de variables de -1
	Une bonne valeur entraîne un flag de variables de 0
	Une valeur douteuse entraîne un flag de variables de 1
Lors de la réalisation de la colonne de synthèse, un nouveau numéro de flag a été attibué: 
	flag de 2 qui correspond à la présence d'un flag de 0 et d'un flag de 1	

Détails complémentaires :

Les "NaN" signifient Not a Number selon la convention IEEE. On les emploie lors d'absence de données, le langage Matlab n'acceptant pas de vide dans les tableaux.
La station 2029 présente une anomalie à la montée en raison de la présence inopinée d'un ptéropode qui a été retrouvé à l'intérieur du circuit d'aspiration de la conductivité.
Autres stations présentant une absence de données correctes consécutives à la non fermeture de fichiers lors de l'acquisition et où la récupération de la totalité de l’information n’a pas été possible:
2030, 2096, 3004, 3030
Certaines stations n'existent pas, elles ont été utilisées comme station towyo et correspondent donc dans notre numérotation à des sauts de stations, il s'agit des stations :
							1094, 1121, 1122,
							2097 à 2168, 2185 à 2264, 2280 à 2400
							3100 à 3154, 3169 à 3237, 3253 à 3322

Les fichiers correspondant au speudo towyo existent dans les répertoires « oxyglistd » et « oxyglistup » mais n’ont pas de lignes correspondantes dans les fichiers rosette (puisque ces bouteilles étaient enlevées lors de l’exécution de ces stations).
Pour cette raison, on peut noter l’absence des stations 1095 à 1107 pour p1l2, les présences partielles des stations 2096 (pour p2leg2), 3004 et 3030 (pour p3leg1) au sein des fichiers « travficrosDEFpxl1_flag_variat_2.xls » et « travficrosBRUTpxl2_flag_variat_2.xls ».

FASCICULES GRAPHIQUES

Les résultats des profils CTD O2 sont mis sous forme graphique au sein des dossiers « tso2diagd » et « profilsd ». Chacun de ces dossiers est subdivisé en sous-dossiers par leg « tso2diagd_pxly » et « profilsd_pxly » (exemple « tso2diagd_p1l1 ») où figurent les fascicules de présentation « fasc_tso2diagd_pxly.pdf » et « fasc_profilsd_pxly.pdf ». Chaque fascicule comprend la totalité des stations du leg concerné.